Hallinto
Nuorten Kuoroliiton toimintaa ohjaa
liittohallitus, jonka
liittokokous valitsee vuosittain helmi-maaliskuussa. Sen alaisuudessa työskentelevä toiminnanjohtaja johtaa liiton toimistoa ja koordinoi käytännön toimintaa. Nuorten Kuoroliiton liittohallitus valitsee keskuudestaan työvaliokunnan, joka valmistelee asiat hallituksen käsiteltäviksi ja toimeenpanee sen tekemät päätökset sekä asettaa tarvittaessa muita toimikuntia.
Vuonna 2009 Nuorten Kuoroliitto on käynnistänyt
Nuorten Tiimin toiminnan, jonka tarkoituksena on tuoda myös nuorten ääntä kuuluviin liiton päätöksenteossa.